ACT - Artemis Comparison Tool

A DNA Sequence Comparison Viewer

Vom Sanger Institute

Installation
  • Legen Sie ein Verzeichnis an.
  • Kopieren Sie die beiden Dateien act_v10.2.0.jar und start_act.bat in dieses Verzeichnis.
  • Installieren Sie Java, falls es noch nicht auf Ihrem Computer vorhanden ist.
  • Starten
  • Starten Sie die Datei start_act.bat in dem Verzeichnis durch Doppelklick.
  • Schalten Sie unter Options->Eukaryotic Mode den eukaryotischen Modus aus.
  • Klicken Sie auf File->Open
  • Speichern Sie nun einen Beispiel aus dem Abschnitt "Daten" dieser Seite auf Ihrer Festplatte ab.
  • Laden Sie die Dateien in die entsprechenden Felder des Dialogfensters, klicken Sie dann auf "Apply".
  • Daten

    Tigr4 und R6

    Tigr4 Genbank Datei(Sequence file 1)
    Blastergebnis (Comparison file)

    Es gibt auch die Möglichkeit,

  • nur Blasthits, deren Alignments in dieselbe Richtung gehen, in ACT zu laden oder
  • die Blasthits, deren Alignments in entgegengesetzte Richtungen gehen.
  • R6 Genbank Datei (NCBI)(Sequence file 2)

    Update 29.11.2006: Genomvergleich mit einem Klick

    Um den Genomvergleich vom R6 und Tigr4 in ACT zu sehen, klicken Sie bitte hier.

    Update 27.09.2006: Neu! Percent identity Graphen für tigr4 und R6

    Jetzt kann man die percent identity vom Blast bei ACT (oder auch bei Artemis) als User Plot einladen. Über oder unter der Sequenz wird ein Graph angezeigt.

    Was dargestellt wird

    Die beiden Genome wurden gegeneinander geblastet. Es gibt nun für jede Basenposition des ersten Genoms keinen, einen oder mehrere Blasthits, in denen diese Basenposition enthalten ist. Jeder Basenposition wird nun die höchste percent identity aller dieser Blasthits zugeordnet. Diese höchste percent identity ist in dem Graphen dargestellt.

    Hier ist ein screenshot von ACT, wenn tigr4 und R6 eingeladen sind und für beide Genome die percent identity Graphen eingeladen sind.

    Download

    Jeweils mit Rechtsklick, "Ziel speichern unter..."

  • Percent identity Graph für R6
  • Percent identity Graph für tigr4

    Wie in ACT laden

    Im Menü "Graph" das Genom auswählen, für das man den Graphen einladen möchte. (z.B.: Streptococcus pneuomoniae R6) Es klappt ein Untermenü auf. In diesem "Add User Plot..." anklicken. Daraufhin öffnet sich ein Dialogfeld, um eine Datei auszuwählen. Dort wählt man die entsprechende Datei aus. (z.B.: R6_vs_Tigr4.blast_percent_identity_graph_FOR_R6.txt)

    Das ganze kann man dann für das andere Genom wiederholen.

    Fallstricke

    Das Einladen benutzerdefinierter Graphen benötigt viel Arbeitsspeicher. Das, was Java standardmäßig reserviert, reicht nicht aus. Deswegen muß ACT bzw Artemis mit Optionen gestartet werden, die Java veranlassen, mehr Speicher zu reservieren. Wer dies nicht von Hand tun will, kann oben das Programm "start_act.bat" herunterladen.