Clustal Formatter 3 - Dokumentation

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Der Clustal Formatter komprimiert Clustal Alignments, indem er triviale Spalten entfernt. Eine triviale Spalte ist eine Spalte, in der unterhalb der Referenzsequenz nur Minuszeichen oder Punkte stehen. Beispiel: Aus dem Alignment

        333333333333333333333333333333333333333333333333333
        222222222222222333333333333333333333333333333444444
        555666777888999000111222333444555666777888999000111
        123123123123123123123123123123123123123123123123123
R6      CGTGATATCCTTTACCAAAGTAACTATGAGCCAGGTTCCACTATGAAAGTG
197MIT  -----C--T-----T--------------A-----A..AGGC-----G--T
2349    --------T-----T--------------A-----A..AG.C-----G--T
M3      -----C--T-----T--------------A-----A..A..C-----G--T
10712   --------T-----T--------------A-----A..A..C-----G--C

        3333333333333333333333333333
        6666666666666667777777777777
        5556667778889990001112223334
        1231231231231231231231231231
R6      AAAATTGCAGATGCCACGATTCGAGATT
197MIT  -----G--G-----G----C--------
2349    -----A--G-----G----C--------
M3      -----A--G-----G-------------
10712   -----A--G-----G-------------


wird:
               333333333333333
               222333333446667
               679467888016791
               333333123333332
R6             TCCGTCACTAGTACT
197MIT         CTTAAAGGCGTGGGC
2349           -TTAAAG.CGTAGGC
M3             CTTAAA..CGTAGG-
10712          -TTAAA..CGCAGG-